상권에서는 기계론적이고 유물론적인 근대세계관을 기초로 한 철학적 자연주의가 갖는 내면성의 소외, 영성의 배제라는 문제점을 지적하면서 그런 문제점을 보완하는 새로운 온우주론을 제시하였다. 오늘날의 생태적 위기를 극복하기 위한 대안으로 제시된 생명의 그물망이라는 생태적 전일론은 계층구조를 부정하고 수평적 확장만을 강조하는 평원론적 우주관에 머물고 말아 새로운 문제를 낳았다고 그는 말한다. 이런 평원론은 상위 차원이 하위 차원을 초월하고 포함하는 존재의 대사슬을 설명할 수 없다는 점을 지적하면서 그 대안으로 ‘영의 대둥지(Great Nest of Spirit)’를 제안하였다. 영의 대둥지를 구성하는 최소 단위는 ‘어느 한 맥락에서는 전체인 것이 동시에 다른 맥락에서는 부분이 되는’ 홀론(holon)이며 홀론은 어느 한 단계에서는 전체였던 것이 다음 단계에서는 더 큰 전체의 일부가 된다는 점에서 홀론계층(holarchy)의 계층구조를 이룬다. 이런 계층 구조는 힘을 통한 지배력이 근간이 되는 지배 계층구조와는 뚜렷하게 구분되는 실현 계층구조(actualization hierarchy)로서 여기에서는 낮은 기능의 홀론에서 높은 기능의 홀론으로 진화한다. 홀론이 따르는 십여 개 원리를 상권 2장에서 구체적으로 조목조목 설명하면서 만물은 이런 원리에 따라 서로 연결되어 있을 뿐 아니라 공진화한다고 주장한다.